A história inicia-se oito meses antes de dos primeiros eventos do volume um de .hack//G.U.Haseo entra em The World R:2 pela primeira vez, e é atacado por PK (Player Killer)
.hack//SIGN segue a história de Tsukasa enquanto ele tenta desvendar seu passado, sua identidade e o porquê dele não conseguir desconectar do MMORPG The World.
A história tem como personagem principal, Kakeru Satsuki, um rapaz que perdeu o último membro da sua família, a sua irmã mais velha.Satsuki, e a sua amiga de infância Yuka Minase,
30-sai no Hoken Taiiku (Educação física para 30 anos) é nada mais nada menos que um guia de auto-ajuda de relacionamento e sexo escrito para homens solteiros de 30 anos (foco em otaku).
Sasshi e Arumi são amigos de infância que moram em Abenobashi (Bairro Comercial de Osaka). Infelizmente, um acontecimento próximo terá de separa-los - a família dela, seu Pai (Papa) e seu avô (Masayuki), mudará para Hokkaido e obviamente ela terá de acompanha-los.
Vários crimes vem ocorrendo de forma misteriosa e para desvendar as pistas deixadas pelos criminosos será preciso contar com os mais experientes detetives da Europa da década de 30
Com o desenrolar da história, Aika descobre que Lagu é na verdade o causador do terremoto que inundou o mundo, e um psicopata quer usar a energia do Lagu
Morisato Keiichi é um rapaz solitário, que mora em um dormitório só para homens. Um dia, cuidando sozinho do dormitório, ele resolve pedir algo para comer. Entre suas tentativas, ele sem querer disca para a \"Linha de Ajuda das Deusas\".
