A história desenrola-se em Neo-Tóquio, uma cidade de Tóquio reconstruida (sobre o que é hoje a Baía de Tóquio) depois de ter sido destruída na III Guerra Mundial
O mestre da ficção cientifica animada, Masamune Shirow, criador de obras primas como Ghost in the Shell, nos transporta, em Appleseed, a um mundo situado no fim da terceira guerra mundial, mais precisamente em 2131
Em uma de suas frequentes viagens pela galáxia tocando sua música, Basara para em um planeta de gelo. Os nativos são hostis e o levam como prisioneiro até que ele começa a cantar para eles e um pequeno menino chamado Pedro reconhece sua voz. Eles libertam Basara, e derrepente uma voz horrível vem da
Ano 2009: A raça humana está em meio a uma guerra de três vias com a raças humanóides alienígenas gigantes chamadas Zentraedi (masculino) e Meltrandi (feminino).
A trama gira em torno de Sakurai Tomoki, um estudante que tenta levar sua vida em paz sem nenhuma preocupação, a não ser por um estranho sonho, que ao despertar, ele começa a chorar.
Ano de 2142 D.C. O mundo está inabitado. A humanidade teve sua população reduzida de forma alarmante.Vastas terras do nosso planeta perderam por completo a sua fauna e a sua flora. O motivo desse imenso estrago fora o abuso durante anos e anos de poluentes.